Al actualizar iniciaste sesión con tu cuenta microsoft?
Yo hasta instale un SSD e hice la instalación en limpio allí hace unos días, le di a skip en todas las partes donde me pedía una key y todo perfecto, lo digo porque no veo en ningún lado en toda esa guía que diga de iniciar sesión.
Lo que yo haría sería llamar a Microsoft al 08001004610 e ir a la opción de Soporte para Windows. Como tu licencia de Windows 7 es legal, estoy seguro que te solucionarán el problema. Explícales que tuviste que instalar dos veces Windows en el mismo PC y que por eso te viste obligado a activar Windows 10 dos veces en un corto lapso de tiempo. Personalmente mi experiencia con ellos ha sido buena, por ejemplo, cuando he tenido que reutilizar la licencia de una PC o laptop que perdió el recovery integrado, o cuando he tenido que activar una copia de Windows en un lugar donde no hay internet.
Me refiero a de donde fue adquirida, he leído de problemas con aquellos que por ejemplo las compraron de ML, de igual forma intenta llamar a Microsoft si la licencia es completamente legal.
Cuando reinstales en limpio y te pida la clave no pongas nada. Te la va a pedir dos veces...salta ese paso. A la final tu w10 quedara activo.
Yo actualize de w7 una maquina y se activo, luego reinstale en limpio sin claves. W10 queda activo en los servidores de microsoft con el registro de tu maquina.